Продали квартиру за 3000000 руб., она менее 3-х лет. Как избежать налога с 2000000 рублей? С 1000000будут вычеты.

НИКАК. Если только купить в том же налоговом периоде другую за 2млн (или больше)

Уже никак!
Единственное: а Вы за сколько её купили? Вы же можете воспользоваться вычетом не только в 1 млн. , но и в стоимость квартиры. Или-или. Если купили официально за 2,5, можете эту сумму поставить в вычет.