Подскажите пожалуйста, как будет написать правильно? 3 магазина открыты3 магазина открыто

И так, и так можно.
Обычно "Три магазина открытО" говорят в том случае, если хотят подчеркнуть, что эти магазины находятся рядом или что, допустим, они работают совместно, или же их открыли одновременно. То есть предполагается некая общность магазинов.
А "три магазина открытЫ" — просто три открытых магазина, не связанных между собой.