Как в телефон вшивают ОС например Java?

Джава это не ОС, а язык программирования. А сам прошивка происходит просто, берут пустой телефон скорее всего подключают к компьютеру только не к обычному домашнему, а скорее всего к великанскому компьютеру который может сразу же обслужить несколько телефонов. А на андроидах и других смартфонах есть проги сделанные народными умельцами с помощью которой можно перепрошить телефон без ПК. Можно и самому поставить прошивку дома через ПК, но нужно иметь специальные программы.