как сохранить закладки из хрома перед обновлением?

должны остаться

если вы не уверенны что закладки остануться то создайте свой аккуант в гугле тогда даже при сносе винды все закладки и настройки будут сохраняться.

Автоматически обновляются файлы браузеров а не твоих профилей. всё останется.

Перед обновлением чего? Если самого хрома, то они останутся. Если же Вы всю систему меняете, тогда придётся снова делать закладки.

Резервная копия закладок, паролей и пр. может оказаться не лишней также, например, при внезапном крахе и последующей переустановке винды.
Синхронизация в Хроме работает. http://support.google.com/chrome/bin/answer.py?hl=ru&answer=185277
Можно также скопировать в безопасное место профиль Хрома
о профиле здесь http://supermember1.blogspot.com/2011/07/google-chrome_18.html
http://supermember1.blogspot.com/2011/04/blog-post.html