Можно ли в счетах-фактурах и актах в наименовании писать "доплата по счету.. . от ...за ..."?

Вы выставили счет, это документ на предоплату для покупателя. При совершении покупки может увеличиться сумма покупки. Счет-фактура отмечает совершение сделки, ее фактическую стоимость. В счет-фактуре пишите что Вы ему оказали - услуги по доставке, ремонт и т. п. и сумму сделки. Учтете ранее выплаченный аванс Д-т 62.2 К-т сч. 62.1 и сумму доплаты, которая поступит на Ваш расчетный счет, Д-т 51 К-т 62.1, и выписанный сч-ф закрыт на сумму сделки.