Как преобразовать .NET программу в exe на машинном языке (Native EXE)? D-NETBOX только триальный

Никак.
Пишите прогу на ЯП, имеющем компилятор, создающий нативные исполняемые файлы.
Например C++, дельфи или PureBasic.
Рекомендую последний (ЯП простой и с большими возможностями, даже драйверы режима ядра ОС позволяет создавать) . Его можно скачать тут. http://rutracker.org/forum/viewtopic.php?t=4384835
Или тут. http://www.rutor.org/torrent/265649/purebasic-5.11-2013-pc-portable