как оформить работника если он учится в институте очно?

Я лично оформился оффициально на работу и при этом учился на очном отделении, но при этом я был на пятом курсе и занятий у меня уже не было, я просто на работе писал заявление на отгулы по уважительной причине (экзамен) !
По моему никаких проблем с оформлением не было на сколько я помню. Работодатель солидная организация и они знали, что я еще учусь, но это никак в производственном плане их не смутило.

можно обычное трудовое соглашение, или по трудовой книжке.

точно так же как и всех остальных...

Как обычно, по трудовой. Делаете запись в трудовую: "Принят на должность... ". Где он учится и как - никакого значения не имеет