Почему Новороссийск был закрытым городом?

Новороссийск никогда не был закрытым городом. Однажды, году в 70м, его закрывали (временно) в связи с предполагаемой эпидемией холеры, на неделю.
Я жила и училась в Новороссийске.
Там действительно есть запретные зоны, в районах пограничных застав. К городу эти запреты не относятся.

Стратегический порт. Но не такой уж он и закрытый был, по моим впечатлениям.

базировался советский военноморской флот

это кажется военный город, поэтому и закрытый

Новосибирск не был закрытым городом и даже Академгородок .Вероятно, были закрытыми некоторые предприятия, имеющие оборонное значение.