ПО ТОМУ, как он замолчал, а ТАКЖЕ по его виноватому взгляду... Почему потому пишется раздельно?

Потому что начальная форма - ТО. Местоимение. С предлогом.

(В других случаях может быть местоимение ТОТ: тот берег - по тому берегу. )

И. (есть) то / тот
Р. (нет) того
Д. (дам) тому
В. (вижу) то / того
Т. (доволен) тем
П. (думаю о) том

ПО - предлог дательного падежа.

То, как он внезапно замолчал, привело меня к разгадке.. .-- По тому, как он внезапно замолчал, я догадался.. .

А слитно пишется наречие, которое по определению неизменяемо. Так что извлекайте исходное слово и экспериментируйте с дательным падежом.

А если Вы не будете закрывать свои вопросы, Вам грозит никогда не узнать, чем отличается краткое прилагательное от краткого причастия (п. 3).