В какой проге для покадровой 2D анимации можно менять только детали, стирая то, что движется и прорисовывая заново?

Adobe Photoshop или GIMP, например. Если предпочитаете вектор - Adobe Flash, уже ставший стандартом.
А редакторы предназначенные для создания анимации, в основном акцентированы на более красивый подход (отрисовка динамических элементов заново, целиком).