Возможно, она для него слишком велика или запах посторонний в ней - они очень чувствительны к запахам.. . У нашего хомяка так было, когда был маленький - он боялся заходить в домик - заходил и убегал оттуда, а спать на дне клетки укладывался, и было ему так очень неудобно. Так я ему в новый домик картонную коробочку поменьше поставила, положила туда белых салфеток, вырезала круглое отверстие - он сразу зашел, обустроился в коробке, и спал там с тех пор постоянно почти 2 месяца, а потом мы коробку убрали - он в домике остался спать, привык и без коробки.
Помойте новую клетку еще раз (они часто первое время пахнут пластиком или еще чем-то) с содой, ополосните кипятком и пусть постоит день-два.. . Положите опилки из старой клетки, старую поилку, старые мисочки и т. д. и потом запустите крысенка. Если и дальше будет стараться уйти оттуда - придется подождать, пока подрастет или попробуйте поэкспериментировать с коробкой.. . Удачи.