можно ли поставить обычные моды minecraft как плагины.

Нет, плагины - модификации сервера Bukkit, некоторые глобальные моды не совместимы с Bukkit. Моды ставятся на сервер так же как и на клиент, но для подключению к серверу потребуется наличие данного мода у игрока, желающего зайти на сервер.