Проверку чего? На вирусы? На наличие ошибок?
Если нужно проверить на наличие ошибок и их исправить, то нужно сделать так:
По диску С: \ щелкнуть правой кнопкой мыши, выбрать "Свойства", перейти на вкладку "Сервис", нажать на кнопку "Выполнить проверку", в появившемся окошке отметить обе галки, нажать "Запуск", нажать "ОК" в новом появившемся окне, перезагрузить комп. Когда комп начнет перезагружаться, то его в это время не нужно трогать с минут 20 вообще. Он сам будет выполнять проверку на наличие ошибок и, если такие найдет, то сам исправит. Все это будет происходить ДО загрузки Windows. Экран будет черный, на нем будут системные сообщения, в которых говорится о процессе выполнения той самой проверки.
chkdsk в консоли от имени администратора.