у меня во всех четвертях в школе 3 по алгебре и за год 3 а ГИА я написал на 4 что будет в аттестате?

3 будет

Четверка

у меня сын в прошлом году закончил школу, так вот нам говорили, что всегда спорные оценки рассматриваются в пользу ученика так что в аттестате должна быть 4

Это на усмотрение учителя. Правил нет по этому поводу.

В аттестат выставляется итоговая отметка. В Вашем случае итоговая - "3". На "4" можно было бы надеяться, если в четвертях были "4", а годовая - "3".