Военный совет закончился через час1_и2_когда все покинули штаб 3_ капитан занялся одним важным делом4_он развернул на стойке, которая размещена под окном5_большую морскую карту, и провел на ней алыми чернилами длинную полоску.
Военный совет закончился через час, и когда все покинули штаб, капитан занялся одним важным делом, он развернул на стойке, которая размещена под окном, большую морскую карту и провел на ней алыми чернилами длинную полоску.
"Военный совет закончился через час, и, когда все покинули штаб, капитан занялся одним важным делом: он развернул на стойке, которая размещена под окном, большую морскую карту и провел на ней алыми чернилами длинную полоску".
Таким образом, запятые нужны в местах 1, 2, 3 и 5. В месте № 4 — двоеточие. Перед "и провел" уберите запятую, так как она там ни к чему.
Там и должны, кроме 5. 5 под вопросом. Можно с запятой, а можно и без.
⇢