Есть сеть отелей (или две, не знаю, связаны ли они юридически, но не суть, скажем, их две: Ibis и Mercure. Они есть во многих городах Европы, и очень неплохи (особенно Меркюр: соотношение цена-качество очень приличное, персонал приветливый (по крайней мере у нас в Австрии, но Мюнхен по-любому не отличается) . СТоимость стандартной комнаты на двоих примерно между 60 и 70 евро. В Мюнхене меркюр есть, проверила. Ибис тоже. Попробуйте их.
Посмотрите отель-трешку Германия. Именно так он называется и пишется. Расположен в самом центре, в нескольких сотнях метрах от площади Мариенплац и вокзала. Это турецкий район, но там даже ночью можно ходить без проблем, проверено на себе.
Двушка Ибис на Дахау-штрассе уютно, вкусный завтрак, чисто (в отеле) около 70 евро сутки кажись.