заражена флешка вирусом, скачал антивирус, пишет что компьютер защищен, вставляю флешку, вирус не удалился.

Значит такой антивирус.
Я подобные вирусы (на флешках) "руками" удаляю.

Так надо же флешку сканировать, а комп сам защищен будет.

открой флешку Win RaR -ом скопируй нужное и форматни флешку и воспользуйся советом DJ Tom@$