Для начала вам надо было бы написать, что у вас за телефон. Попробую предположить, что это смартфон на Андроиде. Для Андроида есть целый ряд хороших навигационных программ, например, OsmAnd, OruxMaps, Locus Map. В эти программы можно грузить и карты, и точки. Приложением Яндекс-карты я не пользуюсь, так как вышеописанные программы умеют всё, что нужно, и даже более того. Точки, отмечаемые на карте, обычно сохраняются отдельно от самой карты, поэтому могут использоваться совместно с любой картой или даже без карты. На компьютере я отмечаю точки при помощи очень хорошей программы SAS Планета. Она хороша тем, что в ней можно переключаться между разными картами: Яндекс, Гугл, топографическими и многими другими. Это позволяет просмотреть положение поставленной точки на разных картах. Затем точки сохраняю в виде файла и гружу в навигатор. Вот посмотрите статью о различных программах для Андроида: http://encyclopedia-stranstviy.blogspot.com/2013/02/karty-dlya-plansheta-na-android.html