1-2. Изменяем форму слова, чтобы найти основу и окончание: крыльями, крылья, крыльев</b,>о, крылу. Основа КРЫЛЬ-, Окончание -ЯМИ.
Табличка из Викисловаря, окончания выделены мной.
3-5. Подбираем однокоренные слова, чтобы определить корень, а заодно посмотреть, есть ли перед корнем приставка, а за корнем – суффикс: крыльями, крылатый, крылатка, крылатость.
Сопоставляя однокоренные слова, видим, что в них корень КРЫЛ//КРЫЛЬ, в корне происходит чередование твёрдого [л] с мягким [л’]. Так что в слове КРЫЛЬЯМИ основа равна корню, нет ни приставки, ни суффикса.
Таким образом, разобрать по составу слово крыльями следует так:
крыль/ями – корень/окончание; основа слова – крыль-.