С какого тома надо читать мангу "Город, в котором ты живёшь", чтобы получилось прямое продолжение аниме ?

Мангу надо начинать с первого тома. Не думайте, что если вы посмотрели аниме, то видели все, что хотел сказать мангака. Аниме-экранизация и манга-первоисточник всегда различаются. А в случае с Kimi no Iru Machi к тому же в аниме манга была экранизирована не с начала. Так что если вы просто продолжите читать мангу, чтобы "получилось прямое продолжение", вы пропустите многое в отношениях персонажей.
В аниме была экранизирована манга с 8 тома (66 главы) по 15 том (142 главу).