в каком расширении лучше хранить видео типа avi,mkv,wmv,mp4 и. т. д

Хранить для чего? Для дальнейшего редактирования или финальный рендер? Если вы закончили редактирование. то храните в МР4 сжатое Х264. Х264 рассчитан для КОНЕЧНОГО хранения материала. Он не для промежуточного, т. е. не для последующего редактирования видео. X264 - один из самых лучших кодеков. Очень часто встречаются рипы и вообще видео - с кодеками DivX и XviD. Многие используют эти кодеки, хотя 264 дает при том же битрейте намного более качественную, четкую и чистую картинку, без квадратов и резких градиентов, с более корректной цветопередачей. Также вот уже который год 264 кодек лидер по тестам качества среди остальных кодеков. При необходимости скачиваем и устанавливаем x264vfw кодек http://sourceforge.net/projects/x264vfw/#

Для промежуточного хранения, для последующего монтажа. Это видео не для конечного хранения файлов, так как оно будет иметь большой размер. Зато оно сохраняет исходное качество. Если будете в дальнейшем редактировать видео, то используйте например бесплатный Lagarith Lossless Video Codec, созданный для кодирования видеоданных без потерь информации. Lagarith поддерживают мультипоточное кодирование, . подобный функционал заранее заложен разработчиками. Как показали эксперименты, скорость кодирования, в зависимости от видеопотока и дисковой подсистемы, увеличивалась в 1.5 - 1.8 раза. Запись подготовленного видеопотока в формат без сжатия экономит массу времени.
Для работы с кодеком установите его в систему. Lagarith Lossless Video Codec 1.3.27 http://www.softpedia.com/get/Multimedia/Video/Codec-Packs-Video-Codecs/Lagarith-Lossless-Video-Codec.shtml После скачивания этого кодека в систему он появиться у вас, например в Sony Vegas в контейнере AVI