В начале XV в. от Золотой Орды обособляется самостоятельное Крымское Ханство. Но уже в 1475 г. Крым становится вассалом Османской (Турецкой) империи. В том же 1475 г. турки захватывают генуэзские города в Восточном Крыму, на Таманском полуострове, присоединяют к своей империи Кавказское Черноморское побережье, создают на этой земле ряд военных крепостей: Хункале (в конце XV в. на месте Матреги) , Темрюк в 1519 г. , Копыл в 1607-1608 гг. , Еникале в 1703 г. , в этом же году укрепили Керчь, Суджук-Кале в 1720 г. , в 1781-1782 гг. трудами французских инженеров возводится крепость Анапа.
В 50-х гг. XVI в. Правобережная Кубань становится составной частью Крымского ханства. Здесь сложилось государственное образование Ногаи Малые (Казыев Улус) из улусов Ногайской Орды, переселившихся на правобережье Волги и в Приазовье (от р. Кубани на р. Дон) . В 1-ой половине XVII в. Ногаи Малые распались на орды (Бунжакскую, Едичкульскую, Едисанскую и др. ) и расселились с Кубани по всему Северному Причерноморью плоть до Дуная.
Основным средством существования ногайцев было кочевое скотоводство. Ногайцы разводили крупный и мелкий рогатый скот, лошадей, главным богатством были овцы. Скот круглый год был на подножном корме, и орда откочевывала на новое место, как только животные съедали траву в окрестностях. Ногаи не знали ни городов, ни сел, проживали в войлочных кибитках. Земледелие играло вспомогательную роль, ремесло ещё не отделилось от земледелия, носило домашний характер и состояло в обработке продуктов животноводства (кож, шерсти) для собственного потребления.
На левобережной Кубани жили адыгские племена. Они занимались скотоводством и земледелием, возделывали просо, ячмень, пшеницу, кукурузу, хорошо было развито огородничество и садоводство. Традиционной и любимой отраслью черкесов (адыгейцев) было коневодство. Далеко за пределами Черкесии славилось ювелирное искусство адыгов, отделка и украшение оружия, конской сбруи.
В семнадцатом веке на территории Кубани стали появляться русские или донские казаки, которых привел Игнат Некрасов, чтобы утихомирить восстание, они объединились с казаками-староверами, которые уже проживали здесь, и образовали казачью республику.