Положена ли ему страховая выплата с военкомата, он прослужил три месяца и его комисовали комисия вкк.

Именно с военкомата ему ничего не будет, т. к. они не вообще уполномочены в этом случае что-либо выплачивать. Они только расскажут какие документы и куда отправить, что бы получить страховку в случае если ВВК своим заключением связало заболевание в прохождением военной службы.