Помошник судьи и секретарь в канцелярии это одно и то же?

нет, это две разные должности

По штатному расписанию это две разные должности и должностные обязанности и зарплата у каждого свои (я).

Должности разные, функции разные, получают мало.

Да, это совершенно разные должности. А по поводу того, что сказал Mr. Corax о том, что получают там неплохо.. .интересно сколько это "неплохо".