Надо ли проводить анализ рентабельности предприятия, если у предприятия Чистый убыток? Почему?

Надо.
В процессе анализа может выясниться, что предприятие проводит не правильную политику деятельности.
Кадровая, структурная, производственная организация, объем и номенклатура выпускаемой продукции.

Это можно назвать иначе - анализ убыточности. Но проводить его надо!