Помогите со знаками препинания.. "Когда-то белые розы были моими любимыми цветами, но это было когда-то... "

да.

белые розы можно отделить запятыми - получится как уточнение

может второе "когда-то" в кавычки взять?

Всё верно. А лишнего закавычивания нужно избегать.