При мариновке, я добавил слишком много лимона, теперь можно вылить весь сок и залить заново минералку?

Да, можно конечно. Но лучше оставьте так. На самом деле, много лимона не бывает. Ну если только вы используете именно лимон, а не лимонную кислоту в парашке.