Можно ли заявлять к вычету сумму, меньшую, чем указанно в счете-фактуре? И как быть, если случайно так сделали?

можно... в учете ничего не меняйте-вы просто ошиблись при заполнении декларации-причем в сторону увеличения налога-в этом случае вы МОЖЕТЕ подать уточненку, но НЕ ОБЯЗАНЫ.. .
а зная сегодняшний подход ИФНС-лучше не дразнить гусей-поищите, может можно перенести другую с\ф с примерной суммой разницы на текущий квартал...