На мопеде срабатывает сигнализация и он глохнет. Я её отсоединял, но потом зажигание вообще не работает.

Наверное реле блокировки зажигания забыл убрать.

что угнал что ли?

схему подключения давай.. .
тогда скажу в чем дело...

На колодке реле блокировки соеденить вместе контакты 30 и 87,реле убрать.

Это очевидно, сигнализация размыкает цепь зажигания.