Как правильно писать: "неверно выбрана (ы) позиция (и) " или неверно выбрана (-ы) позиция (-и) через дефис в скобках?

Второй ваш вариант верен.

дефисы лишние

неверно выбрана позиция (ед. ч. ) . неверно выбраны позиции ( мн . ч.). нужен контекст .

Второй - лучше!

Здесь не нужны не только дефисы, но и пробелы перед скобками.
Хотя, похоже, эти пробелы возникают здесь автоматически - это дефект программы.