Для начала уберём пробелы и запятые, а также преобразуем прописные в заглавные.
частоты для 6:
ИЛМПРШ - 1
СЧЯ - 2
АКН - 3
ЕТ - 4
O - 4|6 - разное количество в открытом и шифротексте
частоты для 7:
АБВГКЛРЫЯ - 1
ЙМНПС - 2
ДЖИТ - 3
Е - 5
О - 5|9 - та же буква, но другое количество
Скорее всего, в текст по каким-то правилам добавили несколько символов O, а потом была сделана перестановка (или наоборот: сначала перестановка, а затем добавление) .
Разбираться с конкретным алгоритмом перестановки лень, да и слишком мало данных.
Что делать дальше:
Попробуйте убрать букву О вообще, и посмотреть маски каждого символа. Например:
НИЧТНЕМЕНЯЕТСЯТАКЧАСТКАКПРШЛЕ - открытый
ИНККТСЧЯЧПТЕАРЕЯЛНЕААЕМТКНСТШ - шифротекст
Маска по Т:
+++Т+++++++Т++Т+++++Т++++++++
++++Т+++++Т++++++++++++Т+++Т+
Очевидная зависимость не проглядывает. Может зря убрали все буквы O и надо было выбросить только 2 из них.