Отключи первый, в чем проблема
либо отключи первый, либо запустись на первом с включённым антивирусом и тогда подключи второй.
Ставьте и форматируйте, только никаких файлов с него не запускайте.
первый отключи
отформатируй второй
после это подключи первый
Работа с жесткими дисками -загрузочный диск Acronis Disk Director
http://www.youtube.com/watch?v=97_cuK_bYRo
загрузочный диск
Acronis True Image Home 2013 (6 статей) , а так же Acronis Disk Director 11 (12 статей) . В данном разделе находятся статьи о резервном копировании данных и работе с разделами жёсткого диска. Всё, начиная с установки данных программ, восстановлении удалённых разделов и создания загрузочных дисков, описаны многие особенности и возможные ошибки.
http://remontcompa.ru/index.php
хочешь форматируй хочешь удали - потом создашь разделы как тебе нужно
Физически отключи первый винчестер и с компашки или флешки загрузи систему. Тот же Касперский предлагает лечащую утилиту, которую можно записать на CD и с него стартовать.