Зависит ли конец нашей Вселенной от существования элементарных частиц протона и нейтрона? И почему?

Нет!

Зависит только от стабильности этих частиц.

Смотря, какой "конец". Северо-западный зависит от синих кварков, а юго-восточный - от сверхмассивных черных дыр.

неа . так как что то и без них будет . прастранство и другие частицы