Систему прокуратуры РФ составляют Генеральная прокуратура РФ, прокуратуры субъектов РФ, приравненные к ним военные и другие специализированные прокуратуры, научные и образовательные учреждения, редакции печатных изданий, являющиеся юридическими лицами, а также прокуратуры городов и районов, другие территориальные, военные и иные специализированные прокуратуры.
Структуру прокуратуры РФ составляют главные управления, управления и отделы на правах управлений: Главная военная прокуратура, Главное следственное управление; управление по надзору за расследованием преступлений органами прокуратуры; за следствием, дознанием и оперативно-розыскной деятельности в органах внутренних дел, за расследованием особо важных преступлений; управление криминалистического обеспечения.