Чем департамент от министерств отличается (в регионе)? министр и руководитель одинаково являются и зам. пред. правительства

Так это в регионе и нужно узнавать, они в этом самостоятельны. В Петербурге, например, комитеты, ни министерств, ни департаментов нет. В Москве и комитеты, и департаменты, и определение, чем одни от других отличаются.