У меня телефон samsung galaxy s2

если я через компьютер отформатирую мои файлы, то это не повлияет на весь телефон так как там очень много папок, я думаю это драйверы к телефону.

зачем тогда форматировать, если это нужно для работы телефона?

бекап для начала сделай.

это защита от дур

Системные файлы не удалятся, для этого нужны Root права