Что означает "Направление подготовки не имеет государственной аккредитации"? какой в итоге дадут диплом?

Негосударственный, который имеет гораздо меньший вес.

За время вашего обучения направление может получить аттестацию, и тогда у вас будет диплом государственного образца. Если же так и не сделают, то будет у вас бумага о том, что вы прошли обучение по специальности в каком-то непонятном частном (т. е. не государственном) вузе.

В принципе, большинству работодателей пофиг вообще на то, какой у вас диплом и какие в нем оценки (лишь бы был, они туда даже не заглядывают) , но бывают и придирчивые.