Пункт 3 статьи 333.18 Налогового кодекса РФ устанавливает, что государственная пошлина уплачивается по месту совершения юридически значимого действия.
Всё потому что деньги идут в МЕСТНЫЙ бюджет, а не в ФЕДЕРАЛЬНЫЙ. То есть вы заплатили деньги в бюджет Питера, эти деньги пойдут на благо Питера, а работу сделать должны за вас в другом регионе.
Вы можете обратиться в УФМС за справкой, что ваша пошлина подлежит возврату. И с ней обратиться в налоговую службу - вам вернут ваши деньги.
А заплатить придётся заново, по месту изготовления загранпаспорта.