Это нарушение или нет? Если да, то какие санкции могут быть?

Водитель ехал по левому ряду, подъехал к светофору, светофор с дополнительной секцией налево, в левом ряду нанесена стрелка - из него налево, а водителю нужно ехать прямо, как только загорелась основная стрелка прямо - водитель поехал прямо, чтобы не мешать тем, кто будет поворачивать налево под секцию. Нарушение ли это?

По правилам вроде бы он должен был проехать налево, даже если ему надо было прямо. Т. е. если не успел перестроиться на нужную полосу, то надо ехать по своей полосе дальше (в данном случае - налево).

Нарушение. 12.16.1 - 300 р.

Скорее всего здесь будет 12.12.2 Невыполнение требования Правил дорожного движения об остановке перед стоп-линией, обозначенной дорожными знаками или разметкой проезжей части дороги, при запрещающем сигнале светофора или запрещающем жесте регулировщика - влечет наложение административного штрафа в размере 800 рублей.

Нарушение... Вплоть до проезда на запрещающий сигнал...

Если имелась разметка или знак, трактующий направление движения по полосам (в этом ряду-строго налево) -то нарушение, штраф 300,если знаки-разметка этого не предписывали-то нарушения нет