Будучи прирожденным политиком, император прекрасно понимал значение единства церковной и светской власти. Он усилил церковь, предоставил ей новые экономические льготы, даровал земли и имущество. Это он сказал, что "источником всех богатств церкви является щедрость императора". Формально по отношению к Церкви Юстиниан соблюдал принцип симфонии, предполагавший равное и дружественное сосуществование Церкви и государства. Однако, по существу, по словам А. Меня, "он лишь достраивал то огромное здание имперского абсолютизма, необходимой частью которого должна была стать Церковь". Христианство было важно для Юстиниана только как инструмент укрепления государственности.
Император присвоил себе право свободно назначать и смещать епископов, устанавливать удобные для себя церковные законы. Иначе говоря, для Юстиниана роль Церкви сводилась к обслуживанию государства, и такое явление в истории получило название цезарепапизма. Формальное закрепление принцип цезарепапизма получил в знаменитом законодательном кодексе, который охватывал все аспекты жизни империи и получил название "Кодекса Юстиниана".
Цезарепапизм фактически парализовал духовную силу Церкви и почти лишил ее подлинной социальной значимости. Церковь целиком растворилась в мирских делах, обслуживая потребности правителей государства. В результате искренняя вера в Бога, духовная жизнь стали существовать автономно, отгородившись монастырскими стенами. Искренне верующие христиане бежали от мира - как когда-то это делали первые монахи-анахореты. Церковь практически замкнулась в себе, предоставив миру идти своим путем.