Удалила антивирус AVG, нужно ли удалить файлы типа: AVG CMGR.exe-1CEA 378E pf C:\windows\ Prefekt

Может в папке Prefetch? Нет не нужно.

то что лежит в каталоге C:\windows\ удалять достаточно опасно.

Что касается вашего авг, Все проги устанвливаются в свой каталог и редко когда что скидывают в каталог винды.
Про ваш авг не знаю, но во всяком случае, могу сказать с уверенностью на 90 % что удалить можно.
Но не видя что там у вас однозначно утверждать не берусь.

Качните cureit с сайта октора веба (это бесплатная утилита лечения)
Проверьте ею комп. Если это вирь замаскировавшийся под авг - утилита его прибъёт сама

Не советую, просто удалить стандартными средствами и для чистоты экперимента запустить например сиклинер

Папку Prefetch в любом случае нужно периодически чистить. Это сборник мусора. Там записывается история запуска программ. Эти записи появятся снова по мере обращения к приложениям.