У какого из этих слов основа в древности оканчивалась звуком Р, впоследствии изчезнувшим? Дом, друг, дуб, пест, ступа?

Чисто гипотетически может быть дуб? ) Смешно, конечно, звучит дубр, но ведь есть же дубрава. Вот только из этих соображений.)

ступр?

ступар это конечно чтото не обычное но изменим основу и получится ступор!

ответ незнаю

Скорее всего будет дуб, так как в древности на многих языках писутствовала буква р укр. дубра́к — раст. «дубровка, живучка, Ajuga», польск. диал. dąbrowy «дубовый» , диал. dąbrza «дубрава» , полабск. dǫbrjánka «чернильный орешек».

дуб

может пест?