Какие ограничения возникнут? видюху с pci ex3.0 вставить в pci ex3.0

А в чем ты разницу увидел? , оба слота PCI-E x16 версии 3.0
Даже если в 2.0, карту для 3.0, разницы не увидишь.

почти никаких, так, процентов 5-10