Система налогообложения операций с ценными бумагами нуждаются в доработке?

Да.
1. надо отменить НДС за оказание услуг (с 13 года вроде как будет сделано)
2. вернуть стимулирующую отмену НДФЛ для инвесторов, хранящих акции более 3-х лет
3. вернуть обязанность по удержанию налогов по купонным доходам (облигации) брокерам