Правельно ли будет сказать что температура второй малекулы больше?

Двойка по русскому. Это пишется "молекула" (через О) и "привильно" (через И) .

По сабжу: нет, неправильно. У отдельной молекулы вообще нет понятия "температура". Потому что температура - это термодинамический, а значит - чисто статистический параметр. Который имеет смысл только для ансамбля из огромного числа молекул, но для одной, или даже двух или десяти, уже нимкакого смысла не имеет.