Как запустить уже установленный .ехе файл на Ubuntu 12.04. Wine установлен, но .ехе система открывает через архиватор.

Зайти в свойства \ открывать в программе \ загрузчик windows программ \ можно установить эту программу по умолчанию.

правой и открыть с помощью wine. если не открывает или не устанавливает то что то из WINE не установлено

попробуй как Magic говорит. ПКМ
а так мож у тебя мож у тебя библиотеки не все