Будучи прекрасным врачом, Гиппократ естественно стремился познать строение человека. Он и его ученики имели большее представление об анатомии, чем врачи стран Древнего Востока, но несомненно и то, что Гиппократ сам недостаточно знал анатомию. В книгах времен Гиппократа лучше всего излагалось строение костей, вероятно, потому, что их часто находили выветренными на поверхности почвы. Довольно подробно были описаны кости черепа, позвонки и ребра. Первый позвонок еще не был известен. Мало знали они и о мышцах, которые обобщались понятием «мясо» . Во времена Гиппократа многие сухожилия и нервы не идентифицировались, но различали слуховой, зрительный, тройничный и блуждающий головные нервы, плечевой, межреберные и седалищный спинномозговые нервы. Из внутренних органов были известны желудок и кишечник (как один орган) , печень и желчный пузырь, селезенка, почка, мочевой пузырь, лимфатические и молочные железы. Головной мозг принимали за железу, вырабатывающую жидкость и семя, но уже были догадки, что мозг выполняет и психические функции.