что если в каноническом уравнении эллипса присутсвует минус, куда его деть?

Каноническое от слова ''канон'', т. е. каноническим называется СТРОГО ОПРЕДЕЛЕННАЯ форма уравнения. Каноническое уравнение эллипса

х^2/а^2+у^2/в^2=1. Минусов в нем нет по определению.

Если у Вас уравнение вида

-х^2/а^2+у^2/в^2=1 или х^2/а^2-у^2/в^2=1, то это каноническое уравнение гиперболы.

Возможно также уравнение вида
х^2/а^2+у^2/в^2=-1. Это так называемый мнимый эллипс. На обычной вещественной координатной плоскости этому уравнению ничего не сооответствует.