Инициировать предприятие может, законом не запрещено, но сумма незначительная или возвращена, так что стороны пришли к мировому соглашению. А вот если предприятие отправит в полицию документы о расследовании, то такие документы не будут признаны в качестве доказательств. У предприятия нет права вести расследование, есть только право устанавливать недостачу и виновное лицо, а причины образования недостачи устанавливаются розыскными мероприятиями, которые вправе проводить полиция. Так что при получении документов полиция просто ответит "отсутствие состава преступления", которые должно включать умысел и присвоение денег, а это устанавливает только следствие, а не предприятие