гиф это картинка а флеш это выполняемый скрипт
гиф банер не требует проигрывателя дополнительного) но как правило гиф файл больше по размеру и менее эффектно выглядит, не имеет возможности реализовать массу эффектов доступных флэш)) ) в общем по всем показателям флэш выигрывает
гифки тупо повторяют по кругу одну и туже анимацию плюс можно сделать интерактивной только всю поверхность, а на флеше можно хоть бегающих за курсором персонажей сделать, кучу кнопок ссылок на одном баннере!
Если нужен интерактивный баннер - однозначно флеш, хотя и гифку можно сделать кликабельной частями с помощью карты изображений. По весу гифка будет меньше и не требует плейера для воспроизведения. А вообще практически любой флеш можно конвертнуть в гиф. так что имхо дело вкуса что выбирать. Гиф - просто картинка как jpeg, png и прочее. А флеш - изображение, полученное на основе совершенно иной технологии Flex.